Linux下BLAST的使用
作者 佚名技术
来源 Linux系统
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发布时间 2012-05-14
1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg：ln -s /home/username/blast/bin；
3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件,拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
若将输出格式显示为XML格式,则需
$blastall -p blastn -m 7 -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
希望我的操作是正确的！
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